Филогенетический анализ изолятов вируса бешенства, выявленных на территории Новосибирской области (Российская Федерация)

Введение. Новосибирская область относится к числу энзоотичных по бешенству субъектов Российской Федерации Сибирского федерального округа, лидируя по числу регистрируемых случаев среди других субъектов округа. В то же время изученность генетических особенностей полевых изолятов вируса бешенства низкая.

Цель исследования. Оценить связи эпизоотий бешенства на энзоотичной территории Новосибирской области с соседними регионами на основе анализа генетического разнообразия вариантов вируса бешенства и их пространственного распределения.

Материалы и методы. Секвенирование двух перекрывающихся фрагментов генома, содержащих полноразмерный ген нуклеопротеина N вируса бешенства, с последующей очисткой и нуклеотидным секвенированием по Сэнгеру осуществляли согласно ранее опубликованному протоколу. При выполнении филогенетического анализа использовали байесовский подход с применением пакета программ Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees (BEAST X).

Результаты. Количество зарегистрированных заболеваний животных бешенством после 2012 г. заметно снизилось и не превышало 60 случаев в год. Все изученные изоляты относятся к генетической группе С. Изоляты классифицируются на два генетических кластера – C2c (35 изолятов) и C2b (18 изолятов). Один из изолятов вируса бешенства выделен в культуре клеток нейробластомы мыши. Представители всех кластеров группы С, выявленных в Новосибирской области, раньше обнаруживались также в Казахстане. Наиболее устойчивые связи прослеживаются с Восточно-Казахстанской (кластеры С2с, С1b) и Северо-Казахстанской (кластеры C2c, C2b) областями. Результаты филогенетического анализа согласуются с ранними описаниями «лисьего» бешенства и с результатами эпизоотологического мониторинга на сопредельных территориях Западной Сибири и Казахстана в современный период.

Заключение. В настоящее время на территории Новосибирской области персистируют варианты вируса бешенства кластеров C2b и C2c, имеющих независимое друг от друга происхождение.

1. Кузьмин И. В., Сидоров Г. Н., Ботвинкин А. Д., Рехов Е. И., Поле щук Е. М. Бешенство на юге Западной Сибири в 1990–2000 гг.: вопросы и поиск решения. Ветеринарная патология. 2002; (1): 92–100. https://elibrary.ru/gxvcij

2. Полещук Е. М., Сидоров Г. Н., Нашатырева Д. Н., Градобоева Е. А., Пакскина Н. Д., Попова И. В. Бешенство в Российской Федерации: ин формационно-аналитический бюллетень. Омск: Издательский центр КАН; 2019. 110 с. https://elibrary.ru/bouwsw

3. Гулюкин А. М., Шабейкин А. А. Обзор современной эпизоотической ситуации по бешенству в Российской Федерации. Динамика изменений за 35-летний период, закономерности, влияющие факторы. Ветеринария сегодня. 2025; 14 (3): 232–240. https://doi.org/10.29326/2304-196X-2025-14-3-232-240

4. Мальков Г. Б. Концепция о популяционно-биологических аспектах природной очаговости бешенства. В кн.: Природноочаговые болезни человека (вопросы эпидемиологии и профилактики): республиканский сборник научных работ. Омск: Омский государственный медицинский институт им. М. И. Калинина; 1981; 105–115.

5. Рихтер А. С., Шилова Н. В., Чернышова Л. Ю., Юрченко Ю. А., Рубцова Е. В., Семенова Е. В. Эпидемиологическая обстановка по бешенству на территории Новосибирской области. Актуальные проблемы болезней, общих для человека и животных: материалы V Всероссийской научно-практической конференции с международным участием (Ставрополь, 24–25 апреля 2024 г.). Ставрополь: Экспо-Медиа; 2024; 74–76. https://elibrary.ru/yfyudi

6. Шатько П. Д., Корнилова А. Л., Ермилов Д. К. Природные очаги бешенства в условиях Новосибирской области. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1963; (6): 33–38.

7. Джупина С. И., Куликов В. Т. Эпизоотология бешенства сельскохозяйственных животных в Новосибирской области. Сборник научных работ Новосибирской научно-исследовательской ветеринарной станции. 1968; (3): 163–166.

8. Абашкин С. А. Лисица и корсак, их распространение и численность. В кн.: Биологическое районирование Новосибирской области (в связи с проблемой природно-очаговых инфекций): сборник статей. Новосибирск: Наука. Сибирское отделение; 1969; 165–178.

9. Вяжевич В. К. Случай возникновения бешенства у человека при заражении от дикой лисы. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1959; (10): 146–147.

10. Kuzmin I. V., Botvinkin A. D., McElhinney L. M., Smith J. S., Orciari L. A., Hughes G. J., et al. Molecular epidemiology of terrestrial rabies in the former Soviet Union. Journal of Wildlife Diseases. 2004; 40 (4): 617–631. https://doi.org/10.7589/0090-3558-40.4.617

11. Deviatkin A. A., Lukashev A. N., Poleshchuk E. M., Dedkov V. G., Tkachev S. E., Sidorov G. N., et al. The phylodynamics of the rabies virus in the Russian Federation. PLoS ONE. 2017; 12 (2):e0171855. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0171855

12. Ботвинкин А. Д., Сидоров Г. Н., Полещук Е. М., Зарва И. Д., Нашатырева Д. Н., Яковчиц Н. В. и др. Ретроспективная оценка реализации долгосрочного прогноза пространственного распространения бешенства в азиатской части России. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; (2): 13–21. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-2-13-21

13. Юдкин В. А. О возможной связи популяций мелких млекопитающих с природным очагом бешенства. Актуальные вопросы ветеринарной биологии. 2015; (4): 53–59. https://elibrary.ru/vbevzr

14. Кирюхин С. Т., Телепнев В. Г., Крючков В. С., Кузнецов Э. В. Рас селение енотовидной собаки по территории Новосибирской области. Современные проблемы природопользования, охотоведения и звероводства: материалы Международной научно-практической конференции, посвященной 90-летию ВНИИОЗ им. проф. Б. М. Житкова (22–25 мая 2012 г.). Киров; 2012; 400. https://elibrary.ru/boklms

15. Скалон Н. В., Скалон В. Н. Енотовидная собака на юго-востоке Западной Сибири. Охрана и рациональное использование животных и растительных ресурсов: материалы Международной научно-практической конференции, приуроченной к 120-летию со дня рождения профессора В. Н. Скалона, в рамках ХII международной научно-практической конференции «Климат, экология, сельское хозяйство Евразии» (Молодежный, 24–28 мая 2023 г.). Часть II. Молодежный: ФГБОУ ВО Иркутский ГАУ; 2023; 179–184. https://elibrary.ru/hgldjb

16. Яковчиц Н. В., Бондарюк А. Н., Адельшин Р. В., Носков А. К., Андаев Е. И., Ботвинкин А. Д. Вирус бешенства в Красноярском крае: две независимых филогруппы. Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2019; (37): 38–40. https://elibrary.ru/nkcgau

17. Полещук Е. М., Савкина Е. С., Сидоров Г. Н. Особенности эпидемической и эпизоотической ситуации по бешенству в Российской Федерации в 2023 г. в сравнении с многолетними данными. Проблемы особо опасных инфекций. 2025; (1): 65–73. https://doi.org/10.21055/0370 1069-2025-1-65-73

18. Chupin S. A., Sprygin A. V., Zinyakov N. G., Guseva N. A., Shcherbinin S. V., Korennoy F. I., et al. Phylogenetic characterization of rabies virus field isolates collected from animals in European Russian Regions in 2009–2022. Microorganisms. 2023; 11 (10):2526. https://doi.org/10.3390/microorganisms11102526

19. Suchard M. A., Lemey P., Baele G., Ayres D. L., Drummond A. J., Rambaut A. Bayesian phylogenetic and phylodynamic data integration using BEAST 1.10. Virus Evolution. 2018; 4 (1):vey016. https://doi.org/10.1093/ve/vey016

20. Stecher G., Suleski M., Tao Q., Tamura K., Kumar S. MEGA 12.1: Cross platform release for macOS and Linux operating systems. Journal of Molecular Evolution. 2026; 94: 14–18. https://doi.org/10.1007/s00239-025-10287-z

21. Rambaut A., Drummond A. J., Xie D., Baele G., Suchard M. A. Posterior summarization in Bayesian phylogenetics using Tracer 1.7. Systematic Biology. 2018; 67 (5): 901–904. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy032

22. Sauvage T., Plouviez S., Schmidt W. E., Fredericq S. TREE2FASTA: a flexible Perl script for batch extraction of FASTA sequences from exploratory phylogenetic trees. BMC Research Notes. 2018; 11:164. https://doi.org/10.1186/s13104-018-3268-y

23. МУ 35-16 Методические указания по выделению вируса бешенства в культуре клеток нейробластомы мыши: утв. Россельхознадзо ром 06.06.2016. Владимир: ФГБУ «ВНИИЗЖ»; 2016. 19 с.

24. Назаров Н. А., Киселева В. В., Чернышова Е. В. Методические рекомендации по определению инфекционной активности вируса бешенства методом титрования в культуре клеток. Владимир: ФГБУ «ВНИИЗЖ»; 2024. 29 с.

25. Yessembekova G. N., Xiao Sh., Abenov A., Karibaev T., Shevtsov A., Asylulan A., et al. Molecular epidemiological study of animal rabies in Kazakhstan. Journal of Integrative Agriculture. 2023; 22 (4): 1266–1275. https://doi.org/10.1016/j.jia.2022.11.011

26. Чупин С. А., Чернышова Е. В., Чернышев Р. С., Груздев К. Н., Спиридонов А. Н., Варкентин А. В. и др. Филогенетический анализ изоля тов вируса бешенства, выделенных от животных на территории Волгоградской области. Ветеринария сегодня. 2025; 14 (3): 241–248. https://doi.org/10.29326/2304-196X-2025-14-3-241-248

27. Nadin-Davis S. A., Simani S., Armstrong J., Fayaz A., Wandeler A. I. Molecular and antigenic characterization of rabies viruses from Iran identifies variants with distinct epidemiological origins. Epidemiology and Infection. 2003; 131 (1): 777–790. https://doi.org/10.1017/s095026880300863x

28. Adelshin R. V., Melnikova O. V., Trushina Y. N., Botvinkin A. D., Borisova T. I., Andaev E. I., et al. A new outbreak of fox rabies at the Russian Mongolian border. Virologica Sinica. 2015; 30 (4): 313–315. https://doi.org/10.1007/s12250-015-3609-0

29. Poleshchuk E. M., Deviatkin A. A., Dedkov V. G., Sidorov G. N., Ochkasova J. V., Hodjakova I. A., et al. Complete genome sequences of four virulent rabies virus strains isolated from rabid animals in Russia. Genome Announcements. 2013; 1 (3):e00140-13. https://doi.org/10.1128/genomeA.00140-13

30. Bourhy H., Kissi B., Audry L., Smreczak M., Sadkowska-Todys M., Kulonen K., et al. Ecology and evolution of rabies virus in Europe. Journal of General Virology. 1999; 80 (10): 2545–2557. https://doi.org/10.1099/0022-1317-80-10-2545

31. Condori R. E., Kartskhia N., Avaliani L., Donduashvili M., Elbakidze T., Kapanadze A., et al. Comparing the genetic typing methods for effective surveillance and rabies control in Georgia. Frontiers in Microbiology. 2023; 14:1243510. https://doi.org/10.3389/fmicb.2023.1243510

32. Чернобай Л. П., Чернобай О. Л. Особо охраняемые природные территории Новосибирской области. Растительный и животный мир. Вестник Новосибирского государственного педагогического университета. 2014; 4 (2): 175–187. https://doi.org/10.15293/2226-3365.1402.16

33. Dedkov V. G., Lukashev A. N., Deviatkin A. A., Kuleshov K. V., Safonova M. V., Poleshchuk E. M., et al. Retrospective diagnosis of two rabies cases in humans by high throughput sequencing. Journal of Clinical Virology. 2016; 78: 74–81. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2016.03.012

34. Сансызбаев Б. К. Некоторые эпизоотологические и эпидемиологические аспекты бешенства в Казахстане. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1975; (5): 139–140.

35. Mukhanbetkaliyeva A. A., Kabzhanova A. M., Kadyrov A. S., Mukhanbetkaliyev Y. Y., Bakishev T. G., Bainiyazov A. A., et al. Application of modern spatio-temporal analysis technologies to identify and visualize patterns of rabies emergence among different animal species in Kazakhstan. Geospatial Health. 2024; 19 (2):1290. https://doi.org/10.4081/gh.2024.1290

36. Abdrakhmanov S. K., Abenova A. Z., Mukhanbetkaliyeva A. A., Korennoy F. I., Perez A. M. Animal rabies in Kazakhstan: stable endemicity, surveillance pitfalls, and priority actions. Pathogens. 2025; 14 (11):1079. https://doi.org/10.3390/pathogens14111079

37. Kabzhanova A. M., Kadyrov A. S., Mukhanbetkaliyeva A. A., Yessembekova G. N., Mukhanbetkaliyev Y. Y., Korennoy F. I., et al. Rabies in the Republic of Kazakhstan: spatial and temporal characteristics of disease spread over one decade (2013–2022). Frontiers in Veterinary Science. 2023; 10:1252265. https://doi.org/10.3389/fvets.2023.1252265