Анализ последовательности полного генома штамма «О» вируса инфекционного ларинготрахеита птиц

Представлены данные по определению и анализу нуклеотидной последовательности полного генома штамма «О» вируса инфекционного ларинготрахеита птиц. В ходе картирования нуклеотидной последовательности полного генома выявлен ряд уникальных значимых нуклеотидных особенностей в генах, кодирующих поверхностные белки, ответственные за взаимодействие с клеточными рецепторами. Показана принадлежность штамма «О» к филогенетической группе 1, подгруппе 1 (1.1). В ходе работы установлено генетическое родство отечественного вакцинного штамма «О» с другими широко используемыми вакцинными штаммами в мировом птицеводстве, такими KaKServa, Cover, Hudson и Fowl laryngo. Картированная нуклеотидная последовательность депонирована в международную базу данных GenBank под номером KU128407 и является первой полной генетической характеристикой отечественного вакцинного штамма.

вирус инфекционного ларинготрахеита, полногеномное секвенирование, последовательность полного генома, картирование генома, филогенетический анализ, infectious laryngortacheitis virus, whole genome sequencing, whole genome sequence, gene mapping, phylogenetic analysis

1. Очистка и концентрирование вируса инфекционного ларинготрахеита птиц / A.A. Козлов, Д.Б. Андрейчук, А.Н. Андриясова, Н.С. Мудрак // Инновационное развитие науки в обеспечении биологической безопасности: сб. материалов 2-й Междунар. науч. конф. молодых ученых. - Гвардейский, Казахстан, 2014. - С. 125-128.

2. Пат. 2207372 Российская Федерация, МПК7 C12N 7/00. Штамм «О» вируса инфекционного ларинготрахеита птиц для изготовления диагностических и вакцинных препаратов / A.B. Бочарников, В.Ю. Кулаков, A.B. Борисов [и др.]; ФГУ «ВНИИЗЖ». - № 2002105552/13; заявл. 28.02.2002; опубл. 27.06.2003.

3. Attenuated vaccines can recombine to form virulent field viruses / S.W. Lee, P.F. Markham, M.J. Coppo [et al.] // Science. - 2012. - Vol. 337, № 6091. - P. 188.

4. Complete genome sequence of the first Chinese virulent infectious laryngotracheitis virus / C. Kong, Y. Zhao, X. Cui [et al.] // PLoS ONE. - 2013. - Vol. 8, № 7. - URL: http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0070154.

5. Genomic sequence analysis of the United States infectious laryngotracheitis vaccine strains chicken embryo origin (CEO) and tissue culture origin (TCO) / M. Garcia, V. Volkening, S.M. Riblet [et al.] // Virology. - 2013. - Vol. 440. - P. 64-74.

6. Molecular epidemiology of infectious laryngotracheitis: a review / K.R. Menendez, M. Garcia, S. Spatz, N.L. Tablante // Avian Pathology. - 2014. - Vol. 43, № 2. - P. 108-117.

7. Phylogenetic and molecular epidemiological studies reveal evidence of multiple past recombination events between infectious laryngotracheitis viruses / S.W. Lee, J.M. Devlin, J.F. Markham [et al.] // PLoS ONE. - 2013, - Vol. 8, № 2. - URL: http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0055121.