ГЕНОМНЫЕ АБЕРРАЦИИ В ДНК ВИРУСА АФРИКАНСКОЙ ЧУМЫ СВИНЕЙ, ЦИРКУЛИРУЮЩЕГО НА ТЕРРИТОРИИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Статья посвящена анализу вариабельности геномов изолятов вируса африканской чумы свиней, выделенных на территории Российской Федерации. Методом пиросеквенирования получены полные нуклеотидные последовательности геномов вируса африканской чумы свиней изолятов: Кашино 04/13, Одинцово 02/14, Карамзине 02/13. После сравнительного анализа геномов указанных изолятов с геномом изолята Грузия 2007/1 установлено наличие множественных единичных вставок и делеций, а также наличие двух различающихся по локализации тандемных повторов. Причем 17-нуклеотидный тандемный повтор впервые обнаружен в интергенном регионе 9R/10R мультигенного семейства MGF505 в геноме изолятов Шихобалово 10/13 и Карамзине 02/13.

африканская чума свиней, полногеномное секвенирование, анализ генома, тандемный повтор, делеции и вставки, African swine fever (ASF), whole-genome sequencing, genome analysis, tandem repeat, deletions and insertions

1. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей интергенного региона 173R/I329L кавказских, российских и европейских изолятов вируса АЧС /И.В. Шевченко, Н.Г.Зиняков,А.С. Иголкин [и др.]// Ветеринария и кормление. - 2015. - № 2. - С. 26-28.

2. African swine fever eradication: the Spanish model/ M. Arias, J.M. Sanchez-Vizcaino, A. Morilla [et al.] //Trends in Emerging Viral Infections of Swine / ed. A. Morilla, K. Jin, J. Zimmerman. - 1st ed. - Ames, Iowa, USA, 2002. - P. 133-139.

3. African swine fever virus multigene family 360 genes affect virus replication and generalization of infection in Ornithodorosporcinusticks/T.G. Burrage,Z. Lu,J.G. Neilan [et al.] // J. Virol. - 2004. - Vol. 78. - P. 2445-2453.

4. African swine fever virus proteins involved in evading host defence systems / L.K. Dixon, C.C. Abrams, G. Bowick [et al.] //Vet. Immunol. Immunopathol. - 2004.- Vol. 100, -P. 117-134.

5. African swine fever virus replication and genomics / L.K. Dixon, D.A.G. Chapman, C.L. Netherton, C. Upton //Virus Res. - 2013. - Vol. 173, № 1. - P. 3-14.

6. A sequencing method based on real-time pyrophosphate / M. Ronaghi, M. Uhlén, P. Nyrén // Science.- 1998, -Vol. 281, № 5375. - P. 36-365.

7. Comparison of the genome sequences of nonpathogenic and pathogenic African swine fever virus isolates / D.A.G. Chapman, V. Tcherepanov, C. Upton, L.K. Dixon // J. Gen. Virol. -2008. - Vol. 89. - P. 397-408.

8. Genetic variation among African swine fever genotype II viruses. Eastern and Central Europe / C. Gallardo [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2014. - Vol. 20, № 9. - P. 1544-1547.

9. Metzker M.L. Sequencing technologies - the next generation // Nat. Rev. Genet. - 2010. - Vol. 11. - P. 31-46.

10. Related strains of African swine fever virus with different virulence: genome comparison and analysis / R. Portugal, J. Coelho, D. Hoper [et al.] // J. Gen. Virol. - 2015. - Vol. 96. - P. 408-419.