veterinaryВетеринария сегодняVeterinary Science Today2304-196X2658-6959"Veinard"veterinary-221Research ArticleБОЛЕЗНИ СВИНЕЙPORCINE DISEASESГЕНОМНЫЕ АБЕРРАЦИИ В ДНК ВИРУСА АФРИКАНСКОЙ ЧУМЫ СВИНЕЙ, ЦИРКУЛИРУЮЩЕГО НА ТЕРРИТОРИИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИGENOMIC ABERRATIONS IN DNA OF AFRICAN SWINE FEVER VIRUS CIRCULATING IN THE TERRITORY OF THE RUSSIAN FEDERATIONВаренцоваА. А.VarentsovaA. A.varentsova@arriah.ruЕлсуковаА. А.YelsukovaA. A.elsukova@arriah.ruЗиняковН. Г.ZinyakovN. G.zinyakov@arriah.ruИголкинА. С.IgolkinA. S.igolkin_as@arriah.ruВласоваН. Н.VlasovaN. N.vlasova_nn@arriah.ruФГБУ «ВНИИЗЖ», г. ВладимирРоссияFGBI "ARRIAH", VladimirRussian Federation201502042018045760Copyright © Варенцова А.А., Елсукова А.А., Зиняков Н.Г., Иголкин А.С., Власова Н.Н., 20182018Варенцова А.А., Елсукова А.А., Зиняков Н.Г., Иголкин А.С., Власова Н.Н.Varentsova A.A., Yelsukova A.A., Zinyakov N.G., Igolkin A.S., Vlasova N.N.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://veterinary.arriah.ru/jour/article/view/221

Статья посвящена анализу вариабельности геномов изолятов вируса африканской чумы свиней, выделенных на территории Российской Федерации. Методом пиросеквенирования получены полные нуклеотидные последовательности геномов вируса африканской чумы свиней изолятов: Кашино 04/13, Одинцово 02/14, Карамзине 02/13. После сравнительного анализа геномов указанных изолятов с геномом изолята Грузия 2007/1 установлено наличие множественных единичных вставок и делеций, а также наличие двух различающихся по локализации тандемных повторов. Причем 17-нуклеотидный тандемный повтор впервые обнаружен в интергенном регионе 9R/10R мультигенного семейства MGF505 в геноме изолятов Шихобалово 10/13 и Карамзине 02/13.

The paper is devoted to analysis of genome variability of African swine fever (ASF) virus isolates recovered in the Russian Federation territory. Complete nucleotide sequences of the following ASF virus isolate genomes were obtained by pyrosequencing: Kashino 04/13, Odintsovo 02/14 and Karamzino 02/13. Multiple single insertions and deletions as well as distinctly localized two tandem repeats were found by comparative analysis of genomes of the said isolates and Georgia 2007/1 isolate. Notably that 17-nucleotide tandem repeat was detected in 9R/10R intergenic region of MGF505 multigene family in genomes of Shikhobalovo 10/13 and Karamzino 02/13 isolates for the first time.

африканская чума свинейполногеномное секвенированиеанализ геноматандемный повторделеции и вставкиAfrican swine fever (ASF)whole-genome sequencinggenome analysistandem repeatdeletions and insertionsReferencesСравнительный анализ нуклеотидных последовательностей интергенного региона 173R/I329L кавказских, российских и европейских изолятов вируса АЧС /И.В. Шевченко, Н.Г.Зиняков,А.С. Иголкин [и др.]// Ветеринария и кормление. - 2015. - № 2. - С. 26-28.Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей интергенного региона 173R/I329L кавказских, российских и европейских изолятов вируса АЧС /И.В. Шевченко, Н.Г.Зиняков,А.С. Иголкин [и др.]// Ветеринария и кормление. - 2015. - № 2. - С. 26-28.African swine fever eradication: the Spanish model/ M. Arias, J.M. Sanchez-Vizcaino, A. Morilla [et al.] //Trends in Emerging Viral Infections of Swine / ed. A. Morilla, K. Jin, J. Zimmerman. - 1st ed. - Ames, Iowa, USA, 2002. - P. 133-139.African swine fever eradication: the Spanish model/ M. Arias, J.M. Sanchez-Vizcaino, A. Morilla [et al.] //Trends in Emerging Viral Infections of Swine / ed. A. Morilla, K. Jin, J. Zimmerman. - 1st ed. - Ames, Iowa, USA, 2002. - P. 133-139.African swine fever virus multigene family 360 genes affect virus replication and generalization of infection in Ornithodorosporcinusticks/T.G. Burrage,Z. Lu,J.G. Neilan [et al.] // J. Virol. - 2004. - Vol. 78. - P. 2445-2453.African swine fever virus multigene family 360 genes affect virus replication and generalization of infection in Ornithodorosporcinusticks/T.G. Burrage,Z. Lu,J.G. Neilan [et al.] // J. Virol. - 2004. - Vol. 78. - P. 2445-2453.African swine fever virus proteins involved in evading host defence systems / L.K. Dixon, C.C. Abrams, G. Bowick [et al.] //Vet. Immunol. Immunopathol. - 2004.- Vol. 100, -P. 117-134.African swine fever virus proteins involved in evading host defence systems / L.K. Dixon, C.C. Abrams, G. Bowick [et al.] //Vet. Immunol. Immunopathol. - 2004.- Vol. 100, -P. 117-134.African swine fever virus replication and genomics / L.K. Dixon, D.A.G. Chapman, C.L. Netherton, C. Upton //Virus Res. - 2013. - Vol. 173, № 1. - P. 3-14.African swine fever virus replication and genomics / L.K. Dixon, D.A.G. Chapman, C.L. Netherton, C. Upton //Virus Res. - 2013. - Vol. 173, № 1. - P. 3-14.A sequencing method based on real-time pyrophosphate / M. Ronaghi, M. Uhlén, P. Nyrén // Science.- 1998, -Vol. 281, № 5375. - P. 36-365.A sequencing method based on real-time pyrophosphate / M. Ronaghi, M. Uhlén, P. Nyrén // Science.- 1998, -Vol. 281, № 5375. - P. 36-365.Comparison of the genome sequences of nonpathogenic and pathogenic African swine fever virus isolates / D.A.G. Chapman, V. Tcherepanov, C. Upton, L.K. Dixon // J. Gen. Virol. -2008. - Vol. 89. - P. 397-408.Comparison of the genome sequences of nonpathogenic and pathogenic African swine fever virus isolates / D.A.G. Chapman, V. Tcherepanov, C. Upton, L.K. Dixon // J. Gen. Virol. -2008. - Vol. 89. - P. 397-408.Genetic variation among African swine fever genotype II viruses. Eastern and Central Europe / C. Gallardo [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2014. - Vol. 20, № 9. - P. 1544-1547.Genetic variation among African swine fever genotype II viruses. Eastern and Central Europe / C. Gallardo [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2014. - Vol. 20, № 9. - P. 1544-1547.Metzker M.L. Sequencing technologies - the next generation // Nat. Rev. Genet. - 2010. - Vol. 11. - P. 31-46.Metzker M.L. Sequencing technologies - the next generation // Nat. Rev. Genet. - 2010. - Vol. 11. - P. 31-46.Related strains of African swine fever virus with different virulence: genome comparison and analysis / R. Portugal, J. Coelho, D. Hoper [et al.] // J. Gen. Virol. - 2015. - Vol. 96. - P. 408-419.Related strains of African swine fever virus with different virulence: genome comparison and analysis / R. Portugal, J. Coelho, D. Hoper [et al.] // J. Gen. Virol. - 2015. - Vol. 96. - P. 408-419.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.