Первое выявление рекомбинантного варианта  вируса африканской чумы свиней  в Российской Федерации (краткое сообщение)

А. С. Иголкин; Р. С. Чернышев; Н. Г. Зиняков; Е. О. Морозова; А. Р. Шотин; К. Н. Груздев; И. А. Чвала; А. Мазлум

doi:10.29326/2304-196X-2024-13-3-298-300

Первое выявление рекомбинантного варианта вируса африканской чумы свиней в Российской Федерации (краткое сообщение)

А. С. Иголкин, Р. С. Чернышев, Н. Г. Зиняков, Е. О. Морозова, А. Р. Шотин, К. Н. Груздев, И. А. Чвала, А. Мазлум

https://doi.org/10.29326/2304-196X-2024-13-3-298-300

Полный текст:

сгенерировать QR код

Содержание

Перейти к:

Аннотация

В рамках проведения комплексных молекулярно-генетических исследований изолятов вируса африканской чумы свиней, циркулирующих в России, идентифицирован рекомбинантный вариант с мозаичной структурой генома, вызвавший вспышку заболевания на территории свинокомплекса Приморского края в 2023 г. Охарактеризованный штамм ASFV/Primorsky_2023/DP-4560.Rec обладал феноменом «гемадсорбции», высокой репродукционной активностью в первичных культурах клеток макрофагов свиней, 99,9917%-й идентичностью с первыми рекомбинантными изолятами из Китайской Народной Республики, выявленными в 2021 г. Сайты рекомбинации включали 79 открытых рамок считывания, гомологичных изолятам генотипа II, 49 – генотипу I и 12 смешанных. Исследование методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени биологического материала, ото[1]бранного от павших свиней, не показало изменения чувствительности и специфичности, несмотря на значительные генетические различия рекомбинанта в сравнении с изолятами генотипа II, энзоотичными для Российской Федерации. Однако D. Zhaoetal. в 2023 г. сообщалось о высоковирулентных свойствах родственных вариантов вируса в острых опытах на домашних свиньях. В связи с нарастающими темпами молекулярной эволюции вируса африканской чумы свиней в странах Восточной Азии (Китае, Вьетнаме и дальневосточных регионах России) необходимо усовершенствование мер контроля, общей и специфической профилактики, внутреннего и интернационального надзора за экономически значимой болезнью животных.

Ключевые слова

африканская чума свиней, рекомбинантный вариант, I генотип, II генотип, Приморский край, Дальний Восток

Для цитирования:

Иголкин А.С., Чернышев Р.С., Зиняков Н.Г., Морозова Е.О., Шотин А.Р., Груздев К.Н., Чвала И.А., Мазлум А. Первое выявление рекомбинантного варианта вируса африканской чумы свиней в Российской Федерации (краткое сообщение). Ветеринария сегодня. 2024;13(3):298-300. https://doi.org/10.29326/2304-196X-2024-13-3-298-300

For citation:

Igolkin A.S., Chernyshev R.S., Zinyakov N.G., Morozova E.O., Shotin A.R., Gruzdev K.N., Chvala I.A., Mazloum A. First detection of recombinant variant of African swine fever virus in the Russian Federation (brief communication). Veterinary Science Today. 2024;13(3):298-300. https://doi.org/10.29326/2304-196X-2024-13-3-298-300

Эпизоотическая ситуация по африканской чуме свиней (АЧС) на территории России в 2023 г. оставалась неблагополучной. Очаги болезни выявлены в популяциях диких кабанов и домашних свиней как в личных подсобных хозяйствах, так и на свиноводческих предприятиях ряда субъектов страны.

В рамках реализуемых в ФГБУ «ВНИИЗЖ» научно-исследовательских работ проведены комплексные исследования с использованием методов секвенирования и филогенетического анализа образца вируса АЧС (штамм ASFV/Primorsky_2023/DP-4560.Rec), выделенного из биологического материала во время вспышки (май 2023 г.) инфекции на свинокомплексе Приморского края (с. Первомайское Михайловского района).

Проведен сравнительный анализ с данными из открытых источников, описывающими изоляты, выделенные в 2018–2023 гг. на территории Приморского края и других субъектов Российской Федерации. В качестве референс-образцов использованы генетические последовательности штаммов вируса АЧС I и II генотипов из международной базы данных GenBank (штамм OURT 88/3 – № AM712240.1; штамм Georgia 2007/1 – № FR682468.2 соответственно), а также последовательности рекомбинантных (I и II генотипа) изолятов, выявленных во время вспышек АЧС в 2021–2022 гг. от домашних свиней в следующих провинциях Китая: Хайнань, Внутренняя Монголия и Цзянсу [1].

В ходе исследований идентифицирован вирус АЧС, накапливающийся в культуре клеток костного мозга свиней в титре (8,2 ± 0,23) lg ГАдЕ₅₀/см³, демонстрируя феномен «плотной гемадсорбции».

Полногеномные последовательности ASFV/Primorsky_2023/DP-4560.Rec и ASFV/Pig/Jiangsu/LG_China/2021 (рекомбинантный вариант, зарегистрированный в Китае в 2021 г.) продемонстрировали 99,9917%-ю гомологию (рис. 1).

Результаты филогенетического полногеномного анализа, представленные на рисунке 2, наглядно демонстрируют соответствие исследуемого вируса из Приморского края отдельной кладе рекомбинантных изолятов из Китая (2021–2022 гг.).

Формирование сайтов рекомбинации (79 открытых рамок считывания (ОРС) принадлежат к генотипу II, 49 – к генотипу I, 12 – смешанных) в геноме штамма ASFV/Primorsky_2023/DP-4560.Rec представлены на рисунке 3.

Описанный в публикации D. Zhao et al. в 2023 г. рекомбинантный вариант охарактеризован как высоковирулентный для домашних свиней [1]. Также сообщается, что экспериментальные вакцины против АЧС, изготовленные на основе штамма HLJ/18-7GD (разработчик Harbin Veterinary Research Institute), обеспечивающие защиту от заражения вирулентным вирусом генотипа II, не защищали свиней от заражения рекомбинантным вариантом [2].

В 2023 г. подобный предыдущим рекомбинантный вариант вируса был обнаружен в северных провинциях Вьетнама [3].

В настоящее время специалистами ФГБУ «ВНИИЗЖ» ведутся работы по изучению иммунобиологических свойств изолята ASFV/Primorsky_2023/DP-4560.Rec, в том числе на восприимчивых животных. Первичные данные показывают, что изменения в его геноме не влияют на чувствительность и специфичность метода полимеразной цепной реакции в режиме реального времени, широко используемого при диагностике инфекции. О результатах дальнейших и проводимых экспериментов будет сообщено дополнительно.

Рис. 1. Карта соответствия полногеномных последовательностей изолятов вируса АЧС ASFV/Primorsky_2023/DP-4560.Rec и ASFV/Pig/Jiangsu/LG_China/2021 (синий цвет показывает гомологию между последовательностями)

Fig. 1. Genome-wide map showing correspondence of sequences between ASF isolates ASFV/Primorsky_2023/DP-4560.Rec and ASFV/Pig/Jiangsu/LG_China/2021 (blue color shows homology between the sequences)

Рис. 2. Филогенетическое древо ASFV/Primorsky_2023/DP-4560.Rec (●) и других штаммов вируса АЧС

Fig. 2. Phylogenetic tree of ASFV/Primorsky_2023/DP-4560.Rec (●) and other ASF virus strains

Рис. 3. Карта расположения аннотированных ОРС штамма ASFV/Primorsky_2023/DP-4560.Rec (ОРС с высоким процентом идентичности последовательности генотипа II обозначены фиолетовым цветом; ОРС, сходные с генотипом I, – зеленым; гены, имеющие идентичность последовательности с генотипом II, но мутации, идентичные генотипу I, обозначены оранжевым цветом)

Fig. 3. Map of the annotated ORFs in ASFV/Primorsky_2023/DP-4560.Rec strain (ORFs with a high percentage of identity to genotype II sequence are given in purple; ORFs similar to genotype I are given in green; genes having sequence identical with genotype II, but mutations identical to genotype I are given in orange)

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Полученные данные в очередной раз подтверждают трансграничный характер АЧС, демонстрируют уязвимость мировой отрасли свиноводства и определяют новые требования к разрабатываемым вакцинам против данной инфекции.

Список литературы

1. Zhao D., Sun E., Huang L., Ding L., Zhu Y., Zhang J., et al. Highly lethal genotype I and II recombinant African swine fever viruses detected in pigs. Nature Communications. 2023; 14:3096. https://doi.org/10.1038/s41467-023-38868-w

2. Chen W., Zhao D., He X., Liu R., Wang Z., Zhang X., et al. A seven-genedeleted African swine fever virus is safe and effective as a live attenuated vaccine in pigs. Science China Life Sciences. 2020; 63 (5): 623–634. https://doi.org/10.1007/s11427-020-1657-9

3. Le V. P., Nguyen V. T., Le T. B., Mai N. T. A., Nguyen V. D., Than T. T., et al. Detection of recombinant African swine fever virus strains of p72 genotypes I and II in domestic pigs, Vietnam, 2023. Emerging Infectious Diseases. 2024; 30 (5): 991–994. https://doi.org/10.3201/eid3005.231775

Об авторах

А. С. Иголкин

ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» (ФГБУ «ВНИИЗЖ»)
Россия

Иголкин Алексей Сергеевич - канд. вет. наук, заместитель руководителя лабораторно-диагностического центра, заведующий референтной
лабораторией по африканской чуме свиней