Preview

Ветеринария сегодня

Расширенный поиск

Разработка метода ОТ-ПЦР в режиме реального времени для выявления РНК вируса гриппа птиц подтипа N2

https://doi.org/10.29326/2304-196X-2020-3-34-186-192

Полный текст:

Аннотация

В настоящее время вирус гриппа птиц подтипа N2 активно циркулирует в популяциях домашних и диких птиц, и его регулярно выявляют в Китае, других странах Азии и России, особенно в комбинации с гемагглютинином подтипа H9. Поэтому применение метода для быстрого обнаружения данного инфекционного агента крайне необходимо. В представленной работе приводятся данные по выбору олигонуклеотидных праймеров и оптимизации условий постановки полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией в режиме реального времени для выявления вируса гриппа птиц подтипа N2. Для амплификации фрагмента гена нейраминидазы подтипа N2 были апробированы предложенные в 2016 году B. Hoffmann праймеры и зонд в модификации, а также выбранные в ходе исследования оригинальные праймеры и зонды с вирусами, имеющимися в рабочей коллекции лаборатории. В ходе работы определены оптимальные концентрации компонентов реакционной смеси для проведения полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией в режиме реального времени и температурно-временной режим. Разные комбинации праймеров тестировали на десяти изолятах вируса гриппа птиц подтипа N2, генетически отличающихся друг от друга по гену N. Девять вирусов выделены от птиц из регионов Российской Федерации и относятся к различным генетическим группам. Специфичность метода проверяли методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией в режиме реального времени с использованием изолятов вируса гриппа птиц с другим подтипом нейраминидазы (H5N8, H3N6, H4N6, H5N1, H10N7), а также проб, содержащих РНК вирусов ньюкаслской болезни, инфекционного бронхита кур и инфекционной бурсальной болезни. В результате проведенных исследований были подобраны и оптимизированы условия постановки полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией в режиме реального времени, которые обеспечивают высокую чувствительность и специфичность метода.

Об авторах

П. Б. Акшалова
ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» (ФГБУ «ВНИИЗЖ»)
Россия

Акшалова Перизат Батырханкызы, аспирант, сотрудник референтной лаборатории вирусных болезней птиц

600901, г. Владимир, мкр. Юрьевец



А. В. Андриясов
ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» (ФГБУ «ВНИИЗЖ»)
Россия

Андриясов Артем Валерьевич, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник референтной лаборатории вирусных болезней птиц

г. Владимир



Л. О. Щербакова
ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» (ФГБУ «ВНИИЗЖ»)
Россия

Щербакова Лидия Олеговна, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник референтной лаборатории вирусных болезней птиц

г. Владимир



С. Н. Колосов
ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» (ФГБУ «ВНИИЗЖ»)
Россия

Колосов Сергей Николаевич, кандидат биологических наук, сотрудник референтной лаборатории вирусных болезней птиц

г. Владимир



Н. Г. Зиняков
ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» (ФГБУ «ВНИИЗЖ»)
Россия

Зиняков Николай Геннадьевич, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник референтной лаборатории вирусных болезней птиц

г. Владимир



И. А. Чвала
ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» (ФГБУ «ВНИИЗЖ»)
Россия

Чвала Илья Александрович, кандидат ветеринарных наук, заместитель директора по НИР и мониторингу

г. Владимир



Д. Б. Андрейчук
ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» (ФГБУ «ВНИИЗЖ»)
Россия

Андрейчук Дмитрий Борисович, кандидат биологических наук, заведующий референтной лабораторией вирусных болезней птиц

г. Владимир



Список литературы

1. Alexander D. J. Orthomyxovirus infections. In: Virus Infections of Birds. Vol. 3. Ed. by J. B. McFerran, M. S. McNulty. Amsterdam: Elsevier; 1993; 287–316.

2. Штыря Ю. А., Мочалова Л. В., Бовин Н. В. Нейраминидаза вируса гриппа: структура и функция. Acta Naturae. 2009; 1 (2): 28–34. eLIBRARY ID: 15119687.

3. Tong S., Li Y., Rivailler P., Conrardy Ch., Castillo D. A., Chen L.-M., et al. A distinct lineage of influenza A virus from bats. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2012; 109 (11): 4269–4274. DOI: 10.1073/pnas.1116200109.

4. Tong S., Zhu X., Li Y., Shi M., Zhang J., Bourgeois M., et al. New world bats harbor diverse influenza A viruses. PLoS Pathog. 2013; 9 (10):e1003657. DOI: 10.1371/journal.ppat.1003657.

5. Spackman E., Senne D. A., Myers T. J., Bulaga L. L., Garber L. P., Perdue M. L., et al. Development of a real-time reverse transcriptase PCR assay for type A influenza virus and the avian H5 and H7 hemagglutinin subtypes. J. Clin. Microbiol. 2002; 40 (9): 3256–3260. DOI: 10.1128/JCM.40.9.3256-3260.2002.

6. Avian influenza (infection with avian influenza viruses). In: OIE Manual of Diagnostic Tests and Vaccines for Terrestrial Animals. 7 th еd. Paris, 2018. Chap. 3.03.04. Available at: http://www.oie.int/fileadmin/Home/eng/Health_standards/tahm/3.03.04_AI.pdf.

7. Suarez D. L., Das A., Ellis E. Review of rapid molecular diagnostic tools for avian influenza virus. Avian Dis. 2007; 51 (1 Suppl): 201–208. DOI: 10.1637/7732-101006-REGR.1.

8. Pedersen J. C. Neuraminidase-inhibition assay for the identification of influenza A virus neuraminidase subtype or neuraminidase antibody specificity. Methods Mol. Biol. 2008; 436: 67–75. DOI: 10.1007/978-1-59745279-3_9.

9. Волкова М. А., Чвала Ир. А., Ярославцева П. С., Сосипаторова В. Ю., Осипова О. С., Чвала И А. Серологический мониторинг гриппа птиц в Российской Федерации в 2017–2018 годах. Ветеринария сегодня. 2019; 2 (29): 3–7. DOI: 10.29326/2304-196X-2019-2-29-3-7.

10. Зиняков Н. Г., Осипова О. С., Акшалова П. Б., Сосипаторова В. Ю., Андриясов А. В., Андрейчук Д. Б., Чвала И. А. Анализ генетических свойств изолята вируса гриппа A/chicken/Chelyabinsk/30/2019 H9N2, выделенного на территории Челябинской области. Ветеринария сегодня. 2019; 4 (31): 49–53. DOI: 10.29326/2304-196X-2019-4-31-49-53.

11. Hoffmann B., Hoffmann D., Henritzi D., Beer M., Harder T. C. Riems influenza a typing array (RITA): An RT-qPCR based low-density array for subtyping avian and mammalian influenza a viruses. Sci. Rep. 2016; 6:27211. DOI: 10.1038/srep27211.

12. Андриясов А. В., Андрейчук Д. Б., Чвала И. А. Методические рекомендации по выявлению РНК вируса гриппа птиц типа А методом ОТ-ПЦР в режиме реального времени: утв. ФГБУ «ВНИИЗЖ» 31.05.2016 № 45-16. Владимир: 2016. 13 с.

13. Ребриков Д. В., Саматов Г. А., Трофимов Д. Ю., Семенов П. А., Савилова А. М., Кофиади И. А., Абрамов Д. Д. ПЦР в реальном времени. Под ред. Д. В. Ребрикова. М.: БИНОМ. Лаборатория знаний. 2009. 223 с.


Для цитирования:


Акшалова П.Б., Андриясов А.В., Щербакова Л.О., Колосов С.Н., Зиняков Н.Г., Чвала И.А., Андрейчук Д.Б. Разработка метода ОТ-ПЦР в режиме реального времени для выявления РНК вируса гриппа птиц подтипа N2. Ветеринария сегодня. 2020;(3):186-192. https://doi.org/10.29326/2304-196X-2020-3-34-186-192

For citation:


Akshalova P.B., Andriyasov A.V., Scherbakova L.O., Kolosov S.N., Zinyakov N.G., Chvala I.A., Andreychuk D.B. Development of real-time RT-PCR for N2 subtype avian influenza RNA-virus detection. Veterinary Science Today. 2020;(3):186-192. https://doi.org/10.29326/2304-196X-2020-3-34-186-192

Просмотров: 237


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2304-196X (Print)
ISSN 2658-6959 (Online)