КЛОНИРОВАНИЕ ГЕНОВ, КОДИРУЮЩИХ ТРАНСМЕМБРАННЫЕ БЕЛКИ И БЕЛКИ, ОТВЕТСТВЕННЫЕ ЗА ВИРУЛЕНТНОСТЬ ВИРУСА АФРИКАНСКОЙ ЧУМЫ СВИНЕЙ

Представлены результаты клонирования генов X69R, A179L, E248R, I215L и DP96R изолята Krasnodar 07/17 вируса африканской чумы свиней и анализ их нуклеотидных последовательностей. Полученные клоны пополнили ранее созданную клонотеку, содержащую клоны с 8 генами изолята Krasnodar 06/12. Клоны, содержащие гены X69R, A179L, E248R, I215L и DP96R изолята Krasnodar 07/17 вируса африканской чумы свиней, будут использованы для получения рекомбинантных белков и изучения их влияния на репродукцию вируса in vitro, их роли в инфекционности вируса, степени выраженности клинических признаков и вирулентности. В работе использовали прокариотический вектор pJET1.2/blunt. Таким образом, имеющаяся в референтной лаборатории по африканской чуме свиней ФГБУ «ВНИИЗЖ» клонотека дополнена плазмидными конструкциями pJET1.2-X69R, pJET1.2-A179L, pJET1.2- E248R, pJET1.2-I215L и  pJET1.2-DP96R, несущими 5  генов изолята Krasnodar  07/17 вируса африканской чумы свиней. Доля клонированных генов вируса составила 3,01% генома изолята Krasnodar  07/17, следовательно, общий объем клонотеки достиг 7,82%.

1. Инструкция по применению комплекта реагентов для экстракции ДНК из клинического материала «АмплиПрайм ДНК-сорб-В». – URL: http://www.interlabservice.ru/upload/iblock/ff0/Инструкция%20ДНК-сорб-В_30.10.2012.pdf.

2. Конструирование библиотеки генов, кодирующих иммунологически значимые белки вируса АЧС изолята Кrasnodar 06/12 / А. А. Варенцова, И. В. Шевченко, Н. Г. Зиняков [и др.] // Актуальные проблемы гуманитарных и естественных наук. – 2014. – № 5–1. – С. 28–35.

3. A nonessential African swine fever virus gene UK is a significant virulence determinant in domestic swine / L. Zsak, E. Caler, Z. Lu [et al.] // J. Virol. – 1998. – Vol. 72, No. 2. – P. 1028–1035.

4. African swine fever virus gene A179L, a viral homologue of bcl-2, protects cells from programmed cell death / A. Brun, C. Rivas, M. Esteban [et al.] // Virology. – 1996. – Vol. 225, No. 1. – P. 227–230.

5. African swine fever virus structural protein p54 is essential for the recruitment of envelope precursors to assembly sites / J. M. Rodríguez, R. García-Escudero, M. L. Salas, G. Andrés // J. Virol. – 2004. – Vol. 78, No. 8. – P. 4299–4313. DOI: 10.1128/JVI.78.8.4299–4313.2004.

6. An African swine fever virus gene with similarity to the proto-oncogene bcl-2 and the Epstein-Barr virus gene BHRF1 / J. G. Neilan, Z. Lu, C. L. Afonso [et al.] // J. Virol. – 1993. – Vol. 67, No. 7. – P. 4391–4394.

7. E2 enzymes: More than just middlemen / M. D. Stewart, T. Ritterhoff, R. E. Klevit, P. S. Brzovic // Cell Res. – 2016. – Vol. 26, No. 4. – P. 423–440. DOI: 10.1038/cr.2016.35.

8. He Y., Xiang Z., Mobley H. L. T. Vaxign: The first web-based vaccine design program for reverse vaccinology and applications for vaccine development // J. Biomed. Biotechnol. – Vol. 2010. – URL: http://dx.doi.org/10.1155/2010/297505.

9. Identification of the principal serological immunodeterminants of African swine fever virus by screening a virus cDNA library with antibody / S. D. Kollnberger, B. Gutierrez-Castañeda, M. Foster-Cuevas [et al.] // J. Gen. Virol. – 2002. – Vol. 83. – P. 1331–1342.

10. Inhibition of apoptosis by the African swine fever virus bcl-2 homologue: role of the BH1 domain / Y. Revilla, A. Cebrián, E. Baixerás [et al.] // Virology. – 1997. – Vol. 228, No. 2. – P. 400–404.

11. Menon R., Farina C. Shared molecular and functional frameworks among five complex human disorders: a comparative study on interactomes linked to susceptibility genes // PLoS One. – 2011. – Vol. 6 (4):e18660. – URL: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0018660.

12. Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA / F. Sanger, G. M. Air, B. G. Barrell [et al.] // Nature. – 1977. – Vol. 265, No. 5596. – P. 687–695.

13. Product Information Thermo Scientific CloneJET PCR Cloning Kit. – URL: https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/MAN0012966_CloneJET_PCR_Cloning_40rxn_UG.pdf.

14. QIAquick Gel Extraction Kit Protocol. – URL: http://www.indiana.edu/~lchenlab/protocol_files/agarose_gel_extraction.pdf.

15. Rodriguez J. M., Salas M. L., Viñuela E. Genes homologous to ubiquitin-conjugating proteins and eukaryotic transcription factor SII in African swine fever virus // Virology. – 1992. – Vol. 186, No. 1. – P. 40–52.

16. Safety and immunogenicity of mammalian cell-derived and Modified Vaccinia Ankara vectored African swine fever subunit antigens in swine / J. Lopera-Madrid, J. E. Osorio, Y. He [et al.] // Vet. Immunol. Immunopathol. – 2017. – Vol. 185. – P. 20–33. DOI: 10.1016/j.vetimm.2017.01.004.

17. Xiang Z., He Y. Genome-wide prediction of vaccine targets for human herpes simplex viruses using Vaxign reverse vaccinology // BMC Bioinformatics. – 2013. – Vol. 14 (Suppl 4):S2. – URL: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/14/S4/S2.