Дерматофитозы – широко распространенные во всем мире заболевания кожи и ее производных, чаще всего вызываемые грибами родов Microsporum и Trichophyton. Идентификация вида возбудителя имеет большое эпидемиологическое значение, а также необходима для проведения эффективной терапии. Цель исследований – идентификация и филогенетический анализ дерматофитов, выделенных от собак и кошек на территории Республики Казахстан и Российской Федерации, с помощью молекулярных методов. Видовая принадлежность изолятов грибов была подтверждена секвенированием по двум парам праймеров внутреннего транскрибируемого спейсерного участка (internal transcribedspacer, ITS) рДНК, что позволило депонировать их в базу данных GenBank. На основании результатов секвенирования были идентифицированы Microsporum canis (12 штаммов) и Trichophytonbenhamiae (2 штамма). Проведен анализ нуклеотидных последовательностей и построены филогенетические деревья с учетом результатов идентификации дерматофитов по двум парам праймеров. Построение филогенетического дерева, основанное на отражении родственных связей дерматофитов, показало, что, независимо от использования разных пар праймеров, возбудители рода Microsporum и Trichophyton во всех случаях достоверно распределены по разным кладам. Анализ структур фрагментов последовательности ITS4F/ITS5R позволил выявить генетическое родство штаммов Trichophytonbenhamiae, впервые выделенных от кошек на территории России, с российским штаммом, изолированным от морской свинки. Сравнительный анализ геномов грибов рода Microsporum и Trichophyton с референтными штаммами показал относительно невысокий уровень внутривидового полиморфизма и точечных мутаций последовательностей. В результате анализа данных был определен высокий процент гомологии нуклеотидных последовательностей, что позволяет использовать праймеры для проведения полимеразной цепной реакции в качестве диагностического теста при дерматофитозах кошек и собак.