Широкое применение антимикотических средств для терапии микозов у человека и животных вызывает беспокойство медицинских и ветеринарных специалистов в связи с возникновением резистентности патогенных и условно-патогенных грибов к противогрибковым препаратам. За последние годы накоплена информация о различных молекулярных механизмах, лежащих в основе данного явления, однако для успешного прогнозирования резистентности в различных группах грибов необходимо провести углубленные исследования. Для терапии и профилактики грибковых заболеваний активно применяют несколько групп препаратов, среди которых наиболее часто используют азолы и аллиламины, что приводит к накоплению резистентности патогенных и условно-патогенных грибов к этим противогрибковым средствам. В работе представлены результаты использования молекулярно-генетических методов для выявления устойчивых к азолам изолятов Candida albicans и устойчивых к тербинафину изолятов грибов рода Trichophyton. Анализ нуклеотидных последовательностей гена ERG11 10 изолятов Candida albicans, выделенных от разных видов животных, позволил разделить фенотипически устойчивые и чувствительные штаммы, однако не дал возможности дифференцировать штаммы, обладающие дозозависимой устойчивостью к азолам. Изучение однонуклеотидных полиморфизмов в гене SQLE, ассоциированном с развитием устойчивости к тербинафину, у 12 изолятов грибов рода Trichophyton не позволило разделить их по резистентности, что, вероятно, связано с действием другого механизма устойчивости, который может наблюдаться у данных штаммов. Полученные результаты исследований служат основанием для использования молекулярно-генетических методов для характеристики грибов рода Candida и Trichophyton, однако, с учетом биологических особенностей патогенов разных групп, для прогнозирования резистентности целесообразно использовать несколько значимых участков генома или результаты полногеномного секвенирования, а также анализ экспрессии генов.