<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">veterinary</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">Ветеринария сегодня</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Veterinary Science Today</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">2304-196X</issn><issn pub-type="epub">2658-6959</issn><publisher><publisher-name>"Veinard"</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.29326/2304-196X-2020-1-32-11-16</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">veterinary-452</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>БОЛЕЗНИ РЫБ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>FISH DISEASES</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Применение полимеразной цепной реакции для выявления возбудителей некоторых особо опасных вирусных болезней рыб</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Polymerase chain reaction for detection of some highly dangerous viral fish disease agents</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-0387-2694</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Тарасова</surname><given-names>А. С.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Tarasova</surname><given-names>A. S.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Тарасова Алена Сергеевна, аспирант референтной лаборатории по болезням аквакультуры</p><p>Владимир</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Alyona S. Tarasova, Post-Graduate Student of the Reference Laboratory for Aquaculture Diseases</p><p>Vladimir</p></bio><email xlink:type="simple">686778562@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-4807-4335</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Перчун</surname><given-names>А. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Perchun</surname><given-names>A. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Перчун Алексей Валерьевич, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник референтной лаборатории по болезням аквакультуры</p><p>600901, г. Владимир, мкр. Юрьевец</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Alexey V. Perchun, Candidate of Science (Biology), Senior Researcher at the Reference Laboratory for Aquaculture Diseases</p><p>600901, Vladimir, Yur’evets</p></bio><email xlink:type="simple">perchun@arriah.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-2766-2875</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Мельников</surname><given-names>В. П.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Melnikov</surname><given-names>V. P.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Мельников Владимир Петрович, кандидат ветеринарных наук, заведующий референтной лабораторией по болезням аквакультуры</p><p>Владимир</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Vladimir P. Melnikov, Candidate of Science (Veterinary Medicine), Head of the Reference Laboratory for Aquaculture Diseases</p><p>Vladimir</p></bio><email xlink:type="simple">melnikov@arriah.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru"><institution>ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» (ФГБУ «ВНИИЗЖ)</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>FGBI “Federal Centre for Animal Health” (FGBI “ARRIAH”)</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2020</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>27</day><month>03</month><year>2020</year></pub-date><volume>0</volume><issue>1</issue><fpage>11</fpage><lpage>16</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Тарасова А.С., Перчун А.В., Мельников В.П., 2020</copyright-statement><copyright-year>2020</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Тарасова А.С., Перчун А.В., Мельников В.П.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Tarasova A.S., Perchun A.V., Melnikov V.P.</copyright-holder><license xml:lang="ru" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.</license-p></license><license xml:lang="en" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://veterinary.arriah.ru/jour/article/view/452">https://veterinary.arriah.ru/jour/article/view/452</self-uri><abstract><p>В настоящее время основной ущерб мировой аквакультуре наносят вирусные болезни рыб. Возбудители болезней часто проникают из одних рыбоводных хозяйств в другие при перевозках инфицированных рыб из неблагополучных хозяйств в благополучные. Поэтому завоз рыбопосадочного материала в Россию из стран с различной эпизоотологической ситуацией требует мониторинга и прогнозирования на основе возможных рисков. Ведущее место в комплексе мероприятий по предотвращению распространения вирусных инфекций рыб занимает диагностика. На сегодняшний день лабораторная диагностика болезней рыб вирусной природы основана на выделении возбудителя и его идентификации серологическими методами, которые требуют больших затрат времени и выполняются только в крупных научно-исследовательских институтах, имеющих профильные лаборатории. Более чувстви­тельными и высокопроизводительными являются молекулярные методы диагностики. В статье представлены результаты применения полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией по выявлению ряда особо опасных вирусных болезней рыб семейства лососевых. В результате проделанной работы были подобраны праймеры и оптимизированы температурно-временные условия проведения реакции для идентификации инфекционного некроза гемопоэтической ткани, вирусной геморрагической септицемии и инфекционной анемии лососевых. Результаты, полученные в ходе иссле­дований, позволили установить, что данный диагностический метод является высокоспецифичным с аналитической чувствительностью для вируса инфекционной анемии лососевых – 2,5 lg ТЦД50/см3, инфекционного некроза гемопоэтической ткани – 2,9 lg ТЦД50/см3 и вирусной геморрагической септицемии – 4,2 lg ТЦД50/см3. С помощью описанного метода была проведена идентификация референтных и полевых штаммов, имеющихся в референтной лаборатории по болезням аквакультуры ФГБУ «ВНИИЗЖ» и выделенных в разные годы в рыбоводческих хозяйствах на территории Российской Федерации. Данные, полученные в ходе исследований, коррелировали с результатами вирусовыделения на культуре клеток и иммуноферментного анализа с использованием коммерческих наборов. Предложенная методика проведения полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией позволяет обнаружить возбудителей болезней у рыб как с явными клиническими признаками, так и со скрытым вирусоносительством.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><p>Today viral fish diseases cause major losses in the world aquaculture. Pathogen spread often occurs during the transportation of fish from infected farms to the disease-free ones. Therefore, the import of fish stocking material to Russia from countries with a different epidemic situation requires risk-based monitoring and forecasting. Diagnostics is of primary importance in the complex of measures to prevent the spread of viral infections in fish. To date, laboratory diagnostics of viral fish diseases is based on pathogen isolation and its identification using serological methods which require a lot of time and are performed only in large research institutes with specialized laboratories. Molecular diagnostic methods are more sensitive and high-performance. The article presents the results of using reverse transcription polymerase chain reaction to detect a number of highly dangerous viral diseases of fish (Salmonidae). As a result of this work, primers were selected and the temperature and time conditions of the reaction were optimized for the identification of infectious hematopoietic necrosis, viral hemorrhagic septicemia and infectious salmon anemia. The results obtained during the research allowed us to establish that this diagnostic method is highly specific with analytical sensitivity to infectious salmon anemia virus of 2.5 lg TCD50/сm3, to infectious hematopoietic necrosis – 2.9 lg TCD50/сm3 and to viral hemorrhagic septicemia – 4.2 lg TCD50/ сm3. The described method was used to identify reference and field strains available at the FGBI ARRIAH Reference Laboratory for Aquaculture Diseases and isolated in different years in fish farms in the territory of the Russian Federation. The research data correlated with the results obtained from virus neutralization in cell culture and ELISA performed using commercial kits. The proposed method of RT-PCR allows to detect pathogens both in fish with pronounced clinical signs and in latent virus carriers.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>болезни рыб</kwd><kwd>инфекционная анемия лососевых</kwd><kwd>вирусная геморрагическая септицемия</kwd><kwd>инфекционный некроз гемопоэтической ткани</kwd><kwd>полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией</kwd><kwd>специфичность</kwd><kwd>аналитическая чувствительность</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="en"><kwd>fish diseases</kwd><kwd>infectious salmon anemia</kwd><kwd>viral hemorrhagic septicemia</kwd><kwd>infectious hematopoietic necrosis</kwd><kwd>reverse transcription polymerase chain re¬action</kwd><kwd>specificity</kwd><kwd>analytical sensitivity</kwd></kwd-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Павлов Д. К., Пичуева А. А. Анализ эпизоотической ситуации в мире по вирусным болезням рыб. Ветеринария сегодня. 2015; 2 (13): 54–58. Режим доступа: https://veterinary.arriah.ru/jour/article/view/196.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Pavlov D. K., Pichuyeva A. A. Analysis of fish viral disease epidemic situation worldwide. Veterinary Science Today. 2015; 2 (13): 54–58. Available at: https://veterinary.arriah.ru/jour/article/view/196. (in Russian)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Завьялова Е. А., Кандрина Н. Ю., Ломакина Н. Ф., Гулюкин М. И. Индикация и идентификация некоторых особо опасных вирусов рыб методом ПЦР. Рыбоводство и рыбное хозяйство. 2015; 3: 21–25. eLIBRARY ID: 23833996.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Zavyalova E. A., Kandrina N. Yu., Lomakina N. F., Gulyukin M. I. Indication and indification of dangerous and guarantine fish diseases based on reverse transcription (RT) polymerase chain reaction (PCR). Rybovodstvo i rybnoe hozyajstvo. 2015; 3: 21-25. eLIBRARY ID: 23833996. (in Russian)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Рахконен Р., Веннерстрем П., Ринтамяки П., Каннел Р. Здоровая рыба – профилактика, диагностика и лечение болезни. 2-е изд., перераб. и доп. Хельсинки: НИИ охотничьего и рыбного хозяйства Финляндии; 2013. 177 с. Режим доступа: https://jukuri.luke.fi/bitstream/handle/10024/537337/Terve%20kala.rus.pdf?sequence=1.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Rahkonen R., Wennerstrom P., Rintamaki P., Kannel R. Healthy fish-prevention, diagnosis and treatment of the disease. 2nd ed., revised. Helsinki: Finnish Game and Fisheries Research Institute; 2013. 177 p. Available at: https://jukuri.luke.fi/bitstream/handle/10024/537337/Terve%20kala.rus.pdf?sequence=1. (in Russian)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Щелканов М. Ю., Шульгина М. А., Степаньков А. П., Львов Д. Н., Какарека Н. Н., Шестопалов А. М., Галкина И. В., Шевченко О. Г. Инфекционная анемия лососевых. Юг России: экология, развитие. 2017; 12 (2): 120–134. DOI: 10.18470/1992-1098-2017-2-120-134.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Shchelkanov M. Y., Shulgina M. A., Stepan’kov A. P., Lvov D. N., Kakare¬ka N. N., Shestopalov A. M., Galkina I. V., Shevchenko O. G. Infectious Salmon anemia. South of Russia: ecology, development. 2017; 12 (2): 120–134. DOI: 10.18470/1992-1098-2017-2-120-134. (in Russian)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Жигалева О. Н., Колбасова О. Л., Цыбанов С. Ж., Колбасов Д. В., Щелкунов И. С., Щелкунова Т. И. Выявление РНК возбудителя вирусной геморрагической септицемии рыб методом ПЦР. Ветеринария. 2006; 9: 24–26. eLIBRARY ID: 9242745.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Zhigalyeva O. N., Kolbasova O. L., Tsybanov S. Zh., Kolbasov D. V., Schelkunov I. S., Schelkunova T. I. Differentiation of RNA of the virus for fish haemorrhagic septicemia with the PCR method. Veterinariya. 2006; 9: 24–26. eLIBRARY ID: 9242745. (in Russian)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Devold M., Krossøy B., Aspehaug V., Nylund A. Use of RT-PCR for diagnosis of infectious salmon anaemia virus (ISAV) in carrier sea trout Salmo trutta after experimental infection. Dis. Aquat. Organ. 2000; 40 (1): 9–18. DOI: 10.3354/dao040009.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Devold M., Krossøy B., Aspehaug V., Nylund A. Use of RT-PCR for diagnosis of infectious salmon anaemia virus (ISAV) in carrier sea trout Salmo trutta after experimental infection. Dis. Aquat. Organ. 2000; 40 (1): 9–18. DOI: 10.3354/dao040009.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Emmenegger E. J., Meyers T. R., Burton T. O., Kurath G. Genetic diversity and epidemiology of infectious hematopoietic necrosis virus in Alaska. Dis. Aquat. Organ. 2000; 40 (3): 163–176. DOI: 10.3354/dao040163.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Emmenegger E. J., Meyers T. R., Burton T. O., Kurath G. Genetic diversity and epidemiology of infectious hematopoietic necrosis virus in Alaska. Dis. Aquat. Organ. 2000; 40 (3): 163–176. DOI: 10.3354/dao040163.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Viral haemorrhagic septicaemia. In: Manual of Diagnostic Tests for Aquatic Animals. OIE. 2019. Available at: https://www.oie.int/fileadmin/Home/eng/Health_standards/aahm/current/chapitre_vhs.pdf.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Viral haemorrhagic septicaemia. In: Manual of Diagnostic Tests for Aquatic Animals. OIE. 2019. Available at: https://www.oie.int/fileadmin/Home/eng/Health_standards/aahm/current/chapitre_vhs.pdf.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit9"><label>9</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Доронин М. И., Котова Е. В., Никитин М. М. Мудрак Н. С. Одновременная идентификация вирусов лососевых рыб с помощью метода обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (ОТ-ПЦР-РВ) в формате микрочипов. Молекулярная диагностика 2017: сборник трудов IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием. Под ред. В. И. Покровского. Т. 2. Тамбов: ООО «Фирма Юлис», 2017; 367–368. Режим доступа: https://kpfu.ru/staff_files/F1634184337/Tom_2_s_oblozhkoj.pdf.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Doronin M. I., Kotova E. V., Nikitin M. M., Mudrak N. S. Simultaneous identification of salmon viruses using reverse transcription and real-time polymerase chain reaction (real time RT-PCR) in microchip format [Odnovremennaya identifikaciya virusov lososevyh ryb s pomoshch’yu metoda obratnoj transkripcii i polimeraznoj cepnoj reakcii v rezhime real’nogo vremeni (OT-PCR-RV) v formate mikrochipov]. Molecular diagnostics 2017: Proceedings of the IX all-Russian scientific and practical conference with international participation. Ed. by V. I. Pokrovsky. Vol. 2. Tambov: OOO «Yulis», 2017; 367–368. Available at: https://kpfu.ru/staff_files/F1634184337/Tom_2_s_oblozhkoj.pdf. (in Russian)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit10"><label>10</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Попова А. Г., Орешкова С. Ф., Щелкунов И. С., Рудакова С. Л., Щелкунова Т. И., Тикунова Н. В., Блинова Н. Н., Ильичев А. А. Методы идентификации и типирования вируса инфекционного некроза гемопоэтической ткани лососевых рыб на основе ОТ-ПЦР. Вопросы вирусологии. 2008; 53 (3): 39–43. eLIBRARY ID: 11519442.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Popova A. С., Oreshkova S. F., Shchelkunov I. S., Rudakova S. L., Shchelkunova T. I., Tikunova N. V., Blinova N. N., Ilyichov A. A. RT-PCR-based methods for identification and typing of infectious hemopoietic necrosis virus in salmons. Voprosy Virusologii. 2008; 53 (3): 39–43. eLIBRARY ID: 11519442. (in Russian)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit11"><label>11</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Rudakova S. L., Kurath G., Bochkova E. V. Occurrence and genetic typing of infectious hematopoietic necrosis virus in Kamchatka, Russia. Dis. Aquat. Organ. 2007; 75 (1): 1–11. DOI: 10.3354/dao075001.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Rudakova S. L., Kurath G., Bochkova E. V. Occurrence and genetic typing of infectious hematopoietic necrosis virus in Kamchatka, Russia. Dis. Aquat. Organ. 2007; 75 (1): 1–11. DOI: 10.3354/dao075001.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit12"><label>12</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Einer-Jensen K., Ahrens P., Lorenzen N. Parallel phylogenetic analyses using the N, G or Nv gene from a fixed group of VHSV isolates reveal the same overall genetic typing. Dis. Aquat. Organ. 2005; 67 (1–2): 39–45. DOI: 10.3354/dao067039.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Einer-Jensen K., Ahrens P., Lorenzen N. Parallel phylogenetic analyses using the N, G or Nv gene from a fixed group of VHSV isolates reveal the same overall genetic typing. Dis. Aquat. Organ. 2005; 67 (1–2): 39–45. DOI: 10.3354/dao067039.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit13"><label>13</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Johansson T., Einer-Jensen K., Batts W., Ahrens P., Björkblom C., Kurath G., Björklund H., Lorenzen N. Genetic and serological typing of European infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV) isolates. Dis. Aquat. Organ. 2009; 86 (3): 213–221. DOI: 10.3354/dao02108.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Johansson T., Einer-Jensen K., Batts W., Ahrens P., Björkblom C., Kurath G., Björklund H., Lorenzen N. Genetic and serological typing of European infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV) isolates. Dis. Aquat. Organ. 2009; 86 (3): 213–221. DOI: 10.3354/dao02108.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit14"><label>14</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Kibenge M. J., Iwamoto T., Wang Y., Morton A., Routledge R., Kibenge F. S. Discovery of variant infectious salmon anaemia virus (ISAV) of European genotype in British Columbia, Canada. Virol. J. 2016; 13:3. DOI: 10.1186/s12985-015-0459-1.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kibenge M. J., Iwamoto T., Wang Y., Morton A., Routledge R., Kibenge F. S. Discovery of variant infectious salmon anaemia virus (ISAV) of European genotype in British Columbia, Canada. Virol. J. 2016; 13:3. DOI: 10.1186/s12985-015-0459-1.</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
