В статье представлены результаты разработки методологии оценки деятельности ветеринарных служб субъектов Российской Федерации. Описан алгоритм оценки региональных ветеринарных служб по результатам их деятельности в части обеспечения эпизоотического благополучия на основании анализа и оценки эпизоотической ситуации. Алгоритм оценки деятельности ветеринарной службы представлен в виде последовательно выполняемых этапов, включающих оценку эпизоотической ситуации по трансграничным болезням животных, оценку эпизоотической ситуации по экономически и социально значимым болезням животных, определение фактической эффективности противоэпизоотической деятельности, определение категории ретроспективы, формирование консолидированной оценки фактической противоэпизоотической деятельности. Четыре уровня эффективности деятельности конкретизируются одной из категорий ретроспективы: краткосрочной, среднесрочной и долгосрочной. Дополнительная характеристика (ретроспектива) позволит ответить на вопрос: насколько достигнутый уровень эффективности деятельности постоянен во времени. Результаты анализа эффективности деятельности ветеринарной службы по представленной методологии могут выступать как отдельная составляющая в комплексной системе, а также являться самостоятельной оценкой на региональном/субфедеральном уровне и использоваться при проведении регионализации территории страны по некоторым болезням животных и анализе риска в рамках международной торговли.