Столбунова Кристина Александровна, младший научный сотрудник лаборатории геномики и эволюции вирусов НИИ вирусологии
ул. Тимакова, 2, г. Новосибирск, 630060
Kristina A. Stolbunova, Junior Researcher, Laboratory of Genomics and Evolution of Viruses, Research Institute of Virology
ul. Timakova, 2, Novosibirsk 630060
Степанюк Марина Алексеевна, младший научный сотрудник лаборатории геномики и эволюции вирусов НИИ вирусологии
ул. Тимакова, 2, г. Новосибирск, 630060
Marina A. Stepanyuk, Junior Researcher, Laboratory of Genomics and Evolution of Viruses, Research Institute of Virology
ul. Timakova, 2, Novosibirsk 630060
Мошкин Алексей Дмитриевич, младший научный сотрудник лаборатории геномики и эволюции вирусов НИИ вирусологии
ул. Тимакова, 2, г. Новосибирск, 630060
Alexey D. Moshkin, Junior Researcher, Laboratory of Genomics and Evolution of Viruses, Research Institute of Virology
ul. Timakova, 2, Novosibirsk 630060
Попов Игорь Витальевич, PhD, научный сотрудник Института живых систем
пл. Гагарина, 1, г. Ростов-на-Дону, 344000
Igor V. Popov, PhD, Researcher, Institute of Living Systems
pl. Gagarina, 1, Rostov-on-Don 344000
Охлопкова Олеся Викторовна, канд. биол. наук, старший научный сотрудник лаборатории геномики и эволюции вирусов НИИ вирусологии
ул. Тимакова, 2, г. Новосибирск, 630060
Olesia V. Ohlopkova, Cand. Sci. (Biology), Senior Researcher, Laboratory of Genomics and Evolution of Viruses, Research Institute of Virology
ul. Timakova, 2, Novosibirsk 630060
Введение. Летучие мыши, являясь природным резервуаром множества вирусов, традиционно воспринимаются как источник биологической опасности. Активное развитие центров реабилитации рукокрылых входит в противоречие с их репутацией высокопотенциальных резервуаров зоонозных инфекций: концентрация животных в условиях центра без должного контроля способна искусственно усиливать циркуляцию патогенов. Разрешить это противоречие можно путем включения в протоколы работы центров предварительного вирусологического скрининга поступающих особей. Выявление носителей и их своевременная изоляция (карантин) защитят как остальных животных, так и персонал, а накопленные данные позволят создать систему раннего предупреждения о появлении новых генетических вариантов вирусов.
Цель исследования. Апробация комбинированного подхода к получению полногеномных последовательностей РНК-содержащих вирусов рукокрылых в условиях низкой копийности и фрагментации РНК-матрицы, включающего последовательное применение и модификацию методов ампликонного секвенирования и случайного прайминга (SMART-9N).
Материалы и методы. В качестве материала исследования были взяты образцы фекалий летучих мышей, содержащихся в условиях реабилитацион ного центра в г. Ростове-на-Дону в 2022–2023 гг. В статье описана последовательность действий от выделения нуклеиновых кислот до обработки и анализа данных. Также представлены три способа обогащения РНК-матрицы на основе реакции обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции.
Результаты. При проведении исследования была разработана праймерная панель для выявления альфа-коронавирусов летучих мышей. В результате метагеномного анализа установлено присутствие вирусной РНК Bat bastrovirus (семейство Astroviridae) и разработаны диагностические праймеры для подтверждения. Получена полная генетическая последовательность вируса Loanvirus brunaense (семейство Hantaviridae) и 95% нуклеотидной последовательности вируса Alphacoronavirus (семейство Coronaviridae).
Заключение. Данные о генетических последовательностях вирусов играют важную роль в различных аспектах науки, медицины, ветеринарии и здравоохранения в целом. Результаты данного исследования могут быть использованы для разработки экспресс-диагностических тест-систем по обнаружению различных вирусов летучих мышей.
Introduction. Bats are recognized as natural reservoirs for a wide range of viruses and are therefore traditionally viewed as a potential biological hazard. This perception, however, conflicts with the growing operation of bat rehabilitation centers, where the concentration of animals – if not accompanied by rigorous virological monitoring – may inadvertently facilitate pathogen transmission. A viable resolution lies in integrating preliminary virological screening into standard intake protocols. Early identification of viral carriers and their timely quarantine would not only protect both animal cohorts and center personnel but also generate valuable surveillance data to support early warning systems for emerging viral genetic variants.
Objective. To validate a combined methodological approach for reconstructing full-genome sequences of bat-derived RNA viruses under conditions of low viral load and fragmented RNA templates. The proposed strategy involves the sequential application and adaptation of amplicon-based sequencing and random priming (SMART-9N) techniques.
Materials and methods. Fecal samples were collected from bats housed at a rehabilitation center in Rostov-on-Don between 2022 and 2023. The manuscript details the complete workflow, from nucleic acid extraction through to bioinformatic data processing and analysis. Three RNA template enrichment strategies based on reverse transcription and PCR are also described and compared.
Results. A primer panel was developed specifically for the detection of bat alphacoronaviruses. Metagenomic analysis further revealed the presence of viral RNA corresponding to Bat bastrovirus (family Astroviridae), for which confirmatory diagnostic primers were subsequently designed. Notably, the complete genomic sequence of Loanvirus brunaense (family Hantaviridae) was obtained, along with 95% of the nucleotide sequence of an Alphacoronavirus (family Coronaviridae).
Conclusion. Viral genetic sequence data are indispensable across diverse fields, including fundamental science, clinical medicine, veterinary practice, and public health. The findings of this study provide a practical foundation for the development of rapid diagnostic test kits aimed at detecting bat-associated viruses.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.